Быть может оттого, что FIDONet создавалась как некоммерческая сеть, она имеет иерархическую древовидную структуру. Структура сети определяет правила передачи почты между станциями, подчиненность узлов, а также людей, ответственных за выполнение сетью тех или иных функций (координаторов). Основным документом, описывающим структуру FIDONet является список узлов сети (нодлист, ноделист, от англ. nodelist).

Существует несколько таких списков — глобальный список, называемый обычно мировым нодлистом, а также менее крупные списки по отдельным географическим регионам. Мировой нодлист содержит сетевые адреса, телефоны, имена операторов и названия станций для всех узлов FIDONet. Он составлен из нескольких сегментов, за составление которых отвечают координаторы менее крупных единиц сети. Официальное издание ноделиста выходит два раза в год, все остальное время изменения в структуре сети фиксируются в файлах изменений (нодедиффах, дифах, nodediff), которые при помощи специальных программ вносятся в нодлист каждой станцией самостоятельно.

Самой крупной единицей деления FIDONet является зона (Zone). Россия входит во вторую зону (Европа и т.д.), США находятся в первой зоне. Подробное описание номеров зон Вы можете найти в мировом нодлисте. Зона имеет своего координатора (Zone Coordinator, ZC), координатора по вопросам эхоконференций (Zone EchoMail Coordinator, ZEC) и т.д.

Зона как правило имеет собственные ворота (гейты, gate) для отправки почты другим зонам сети. Каждая зона имеет свой список узлов, включаемый в мировой нодлист как один из сегментов. Список узлов зоны 2 в настоящий момент именуется Z2-LIST. Файлы изменений к нодлисту зоны 2 называются Z2-DIFF. Расширения файлов Z2-DIFF числовые и характеризуют номер текущего дня (т.е. дня, когда этот файл создан координатором.) от начала года. Поскольку нодлист весьма велик, он обычно пересылается в архивированном виде. В таком случае требуется отличать упакованный лист от неупакованного, чтобы случайно не попробовать скомпилировать упакованный вариант. Для этого используется другое расширение файла (.Zxx) где xx последние цифры номера дня.